Uno de los temas más polémicos del periodo de la Guerra Grande es el de los Tribunales de San Fernando, nombre de una localidad a orillas del río Tebicuary en la que acampó el Mcal. López en 1867 tras abandonar Humaitá. En dicho campamento se descubrió un presunto complot para asesinar al Mariscal y organizar un nuevo gobierno para acordar la paz con los Aliados. Se supone que Benigno López, hermano del Mariscal estaba encabezando esta conspiración desde Asunción, y se trataba de asesinar a Francisco Solano para tomar el gobierno y poner fin a la guerra. Sin embargo, el complot (Si es que existió) fue descubierto y los implicados llevados desde Asunción a San Fernando. Se iniciaron los tristemente célebres procesos, con el uso consabido de la tortura, por medio de la cual se extraía cualquier tipo de información de los condenados. Aquello terminó con el fusilamiento de Benigno, de José Berges, del Obispo Manuel Antonio Palacios y de muchos otros. No sería la única conspiración, posteriormente se descubrió un nuevo complot en San Estanislao, supuestamente iban a asesinar al Mariscal por envenenamiento. Esta vez se vieron implicadas las propias madre y hermanas de Solano López, así como sus dos cuñados, el Gral. Vicente Barrios y el tesorero Saturnino Bedoya, y muchos otros. De nuevo los Tribunales de Sangre actuaron, y tanto la tortura como los lanceamientos se hicieron frecuentes. López mandó fusilar al joven Coronel Vicente Mongelós, solo por haber sido descubiertos conspiradores dentro de su batallón. Murió de penuria, aguardando su sentencia de muerte, el otro hermano del Mariscal, Venancio; mientras que su madre y sus hermanas eran apresadas.
